KEN została powołana w 1773 r. Na sejmie reatyfikującym pierwszy rozbiór Polski. Przeprowadzono wówczas reformy wewnętrzne ograniczające się do spraw politycznych. Powołano, przy pomocy ambasadora rosyjskiego, Radę Nieustającą - organ kierujący sprawami państwa w okresie między sejmami. Jako odrębny organ kierujący szkolnictwem, sejm powołał KEN, która przejęła majątek skasowanego przez papieża zakonu jezuitów. Komisja powstała z inicjatywy grupy działaczy oświeceniowych związanych ze Stanisławem Augustem Poniatowskim.
Komisja, słusznie nazwana pierwszym na świecie ministerstwem oświaty, przeprowadziła trudne dzieło zeświedczenia szkolnictwa, zwłaszcza jeśli chodzi o program nauczania. Położyła duży nacisk na nauki ścisłe, na opanowanie języka, historii i geografii narodowej, ograniczając łacinę i usuwając teologię. Dla ukształtowania postawy obywatelskiej wprowadzono "naukę moralną", rodzaj świeckiej etyki.
Pod kierownictwem Komisji znalazły się 74 szkoły średnie, podzielone na tzw. szkoły wydziałowe i podporządkowane im podwydziałowe.
Komisja interesowała się także sytuacją w szkołach parafialnych, wydając dla nich podręczniki i kształcąc nauczycieli. W 1775r. Powołano Towarzystwo do Ksiąg Elementarnych, które zajęło się przygotowaniem nowego programu i nowych podręczników oraz unowocześnieniem metod nauczania.
KEN zorganizowała trzystopniowe szkolnictwo, oparte na hierarchicznej zależności niższych szczebli od wyższych. Najniższy z nich stanowiła szkoła elementarna, która miała stać się powszechną szkołą ogólnokształcąca przygotowującą uczniów do nauki w szkole średniej. Drugi szczebel w systemie oświatowym stanowiła szkoła średnia - początkowo 6-letnia, później 7-letnia - zwana najpierw szkołą wojskową, potem wydziałową, przeznaczona w zasadzie dla szlachty, po Sejmie Czteroletnim kształcąca również synów mieszczańskich.
Najwyższy szczebel w hierarchii oświaty stanowiły: Akademia Krakowska i Akademia Wileńska - przekształcone przez KEN w Szkołę Główną Koronną i Szkołę Główną Litewską - sprawujące nadzór i opiekę nad szkołami średnimi. W Krakowie reformę uniwersytetu przeprowadził Hugo Kołłątaj. Rozbudował on katedry matematyki, fizyki, chemii, ograniczył przywileje teologii, jako język wykładowy zamiast łaciny wprowadził polski. Przy jego pomocy powstało pierwsze obserwatorium astronomiczne. Powrócono wówczas do teorii Kopernika. W Krakowie badania prowadził Jan Śniadecki, który był też autorem wybitnych dzieł matematycznych. W Wilnie reformę uniwersytetu wprowadził Marcin Poczobut Odlanicki, który prowadził też badania astronomiczne.
Reforma Akademii Krakowskiej i Wileńskiej rozwiązała sprawę kształcenia nauczycieli. Na mocy zarządzenia KEN z 1780r. Ustanowiono jedyny w Polsce tzw. stan akademicki. W 1783r. KEN wydała państwowy kodeks szkolny, określający założenia programowe i zasady organizacyjne zreformowanego szkolnictwa. KEN dokonała w polskim szkolnictwie zmiany, jakie systemom oświatowym krajów zachodniej Europy przyniosła dopiero rewolucja francuska w 1789r.
KEN zlikwidowała monopol oświatowy, realizowała postępowe idee pedagogiczne swoich czasów, wprowadziła nowoczesne programy, metody i organizację nauczania, dążyła do zmniejszenia różnic stanowych w oświacie. Stworzyła system edukacji, który nie ograniczał się do kształcenia umysłu, lecz także miał służyć rozwojowi człowieka i obywatela. KEN działała do 1794r.
W 250.rocznicę utworzenia KEN obchodzimy święto wszystkich nauczycieli i pracowników szkoły. Im dzisiaj dedykowaliśmy ten program i składamy serdeczne życzenia.